Více než čtyři desítky digitalizovaných středověkých rukopisů Národní knihovny obsahují několik menších tematicky homogenních skupin. První tvoří jazykově české biblické rukopisy (šest svazků signatury XVII, všechny z 15. století). Liturgické rukopisy zastupují kodexy kláštera sv. Jiří na Pražském hradě (rukopis XII D 11 nechala napsat na začátku 14. století jeho abatyše Kunhuta, dále např. XII E 1, XIII C 1b, XIV D 21), ale i klášterů dalších (XIII C 11 z konventu českokrumlovských klarisek, břevnovské breviáře VI G 11 a XII A 22). Hagiografickou literaturu reprezentuje zejména několik rukopisů Zlaté legendy Jakuba z Voragine (XII D 19, XII E 14, XIII B 11). Početné jsou rovněž sbírky kázání, a to jak českých autorů (Tomášek ze Strakonic, XII E 7a), tak např. napsané na objednávku českých klášterů (kázání Bertranda de Turre v rukopisu XII D 6, který nechal pořídit chotěšovský probošt Petr I.). Většina dalších kodexů obsahuje teologickou literaturu, ale nechybějí ani díla gramatická, právní, přírodovědná, formulářová sbírka Petra z Vineis a další.